根據《國家稅務總局關于研發(fā)費用稅前加計扣除歸集范圍有關問題的公告》（國家稅務總局公告〔2017〕40號）規(guī)定：企業(yè)取得的政府補助，會計處理時采用直接沖減研發(fā)費用方法且稅務處理時未將其確認為應稅收入的，應按沖減后的余額計算加計扣除金額。

例：甲企業(yè)執(zhí)行《企業(yè)會計準則》，將政府補助作為相關成本費用扣減。2017年收到政府補助300萬元，當年用于研究開發(fā)某項目，研究階段發(fā)生支出500萬元，并結轉管理費用，扣減后研發(fā)支出200萬元。

若甲企業(yè)在企業(yè)所得稅年度納稅申報時將政府補助確認為應稅收入，同時調增研發(fā)費用支出，則當年加計扣除的基數為500萬元，加計扣除額為250萬元。

若企業(yè)在企業(yè)所得稅年度納稅申報時將收到的政府補助300萬元作為不征稅收入，則當年加計扣除的基數為200萬元，加計扣除額為100萬元。

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